Ganespalteafdelingen samarbejder tæt med både Rigshospitalet og Aarhus Universitetshospital. 

Den overordnede behandlingsplanlægning for læbe-ganespaltepatienter foregår på Ganeråd i afdelingen, hvor det tværfaglige team sammen med patienten og familien træffer beslutninger omkring behandlingen. I Ganerådet deltager også en plastikkirurg fra Rigshospitalet og evt. en øre-næse-halslæge fra Aarhus Universitetshospital.

Børn der fødes med læbe-ganespalte kommer på Ganeråd inden for de første par måneder efter fødslen. Her konstateres spaltetypen og afhængig heraf, hvornår barnet skal opereres første gang.

Operationer i forbindelse med lukning af læbe- og ganespalter og eventuelt en taleklangforbedrende operation foregår på Rigshospitalet. Mens knogletransplantationer, kæbefremrykning og næsekorrektioner foregår på Aarhus Universitetshospital.